通常描述苗木质量所采用的指标有两大类，一是对苗木的形态或物理测量，另一是对苗木生理或内在质量的测量。从20世纪80年代以来，各国对苗木质量的研究已从单一形态品质指标逐渐过渡到形态指标和生理指标相互结合的领域，并延伸到分子水平。
苗木质量评价也从育苗过程延伸至包括起苗、贮藏、运输、栽植、直到栽植后早期生长的整个过程中。由于苗木生理质量的测量结果不直观、有些方法的结果不稳定、有些方法是破坏性的、而且需要专门的仪器设备和技术，因此只适合于研究用，不适合于生产应用。
因此，通过研究找到各种生理指标与形态指标的相关关系，确定出各树种和各苗龄型在各个地区最能代表苗木质量的主要和辅助形态指标、以及便于测量和应用的生理指标，应用于生产实际，是苗木质量评价研究的重要任务。
形态指标
苗木质量形态指标主要有地径、苗高、高径比、根系指标、重量指标、茎根比、顶芽状况，以及综合的质量指数等。形态指标在生产上简便易行、用肉眼可观测、用简单仪器可以测定、便于直观控制，而且各形态指标都与苗木生理生化状况、生物物理状况、活力状况及其他状况等有相关关系，如苗茎有一定的粗度可使苗木直立挺拔、有适当的根量保证向苗木提供水分和养分等。因此，形态指标始终是研究和生产上都特别关注的苗木质量指标。
(1) 地径、苗高、高径比
(2) 根系状况
(3) 苗木重量与茎根比
(4) 质量指数
(5) 顶芽
质量生理指标
苗木质量生理指标主要有苗木水分状况、矿质营养状况、碳水化合物含量、生长调节物质状况、细胞浸出液电导率、根系活力、叶绿素含量、有丝分裂指数、打破芽休眠的日期、胁迫诱导挥发性物质等。
(1) 苗木水分状况
(2) 苗木矿质营养状况
(3) 苗木碳水化合物含量
(4) 苗木体内的生长调节物质
(5) 导电能力
(6) 根系活力
(7) 叶绿素萤光及叶绿素含量
(8) 有丝分裂指数
(9) 打破芽休眠的日期
(10) 胁迫诱导挥发性物质
生物物理指标
苗木质量生物物理指标主要有电阻抗、热量差、苗木体表温度等。
(1) 电阻抗
(2) 热差分析
(3) 苗木体表温度
活力指标
苗木质量活力指标根生长潜力、苗木耐寒性、OSU活力指数等。
(1) 根生长势
(2) 苗木耐寒性测定
(3) OSU苗木活力
